Sukcesywne usługi sekwencjonowania i syntezy oligonukleotydów

Opis przedmiotu przetargu: Przedmiotem zamówienia jest: sukcesywne świadczenie usług sekwencjonowania i syntezy oligonukleotydów. SYNTEZA OLIGONUKLEOTYDÓW: Przedmiotem zamówienia jest synteza oligonukleotydów standardowych w skalach 20 nmol. Poszczególne oligonukleotydy o konkretnej sekwencji będą zamawiane sukcesywnie przez skrypt na polskojęzycznej stronie internetowej Wykonawcy. Oligonukleotydy będą mieścić się w długości między 15 a 80 nukleotydów. Czas dostawy do 3 dni roboczych liczony od momentu złożenia zamówienia przez skrypt internetowy w godz. 8:00 - 18:00 (oligonukleotydy zamówienie po 18:00 będą miały naliczany czas realizacji zamówienia od godz. 8:00 dnia następnego). Dostawa oligonukleotydów standardowo w formie zliofilizowanej z informacją w jakiej objętości należy zawiesić otrzymany liofilizat, aby uzyskać stężenie 100 µM. Dla wybranych zamówień musi istnieć możliwość otrzymywania oligonukleotydów zawieszonych w wodzie (prośba będzie zaznaczana w polu uwagi podczas składania danego zamówienia szczegółowego). Na stronie Wykonawcy Zamawiający będzie posiadał spersonalizowane konto opatrzone hasłem, za którego pośrednictwem będzie składał zamówienia oraz będzie miał możliwości śledzenia historii wszystkich zamówień i faktur. SEKWENCJONOWANIE METODĄ SANGERA: Przedmiotem zamówienia jest sekwencjonowanie DNA mikrooganizmów z zastosowaniem sekwenatorów firmy Applied Biosystems w probówkach przygotowanych przez Zamawiającego. Standardowa długość odczytów 500-800 nukleotydów (z możliwością odczytów extra long o długości 1000-1100 nukleotydów w zależności od jakości matrycy). Matryce wraz ze starterami będą wysyłane pocztą kurierską na koszt Wykonawcy (min. ilość próbek w jednej przesyłce - 10 szt.). Opis próbek do sekwencjonowania (płytki i probówki) za pośrednictwem skrytpu znajdującego się na stronie internetowej Wykonawcy. Wyniki reakcji sekwencjonowania i rozdziału elektroforetycznego będą umieszczane przez Wykonawcę na jego stronie internetowej w formie pliku tekstowego i fluorogramu w formacie .abi otwieranego przez program FinchTV i Chromas. Wykonawca utworzy na swojej stronie internetowej dla Zamawiającego indywidualne konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. Po umieszczeniu wyników na stronie internetowej Wykonawca będzie wysyłał do Zamawiającego e-mail z informacją o możliwości odebrania wyników. Czas wykonania zlecenia do 2 dni roboczych liczony od daty i godziny przekazania próbek (matryca i startery) do sekwencjonowania przez Zamawiającego kurierowi wyznaczonemu przez Wykonawcę. Reklamacje będą zgłaszane drogą elektroniczną przez Zamawiającego. Wykonawca ma obowiązek potwierdzenia ich przyjęcia. W przypadku błędów Wykonawcy, zlecenie zostanie bezpłatnie wykonane ponownie w jak najkrótszym czasie, nie dłuższym jednak niż 2 dni robocze. SEKWENCJONOWANIE NGS MEGAPLAZMIDÓW BAKTERYJNYCH Przedmiotem zamówienia jest: - przygotowanie 2 bibliotek dla każdej z 10 próbek DNA. Obie biblioteki w technologii sparowanych końców w średniej odległości 400 i 5000 par zasad, - sekwencjonowanie w trybie sparowanych końców o długości odczytu minimum 250 zasad, wymagane średnie pokrycie na poziomie minimum 75X dla każdego preparatu, - składanie uzyskanych wyników w kontigi oraz ustalenie sekwencji konsensusu. SEKWENCJONOWANIE TRANSKRYPTOMÓW GRZYBOWYCH Przedmiotem zamówienia jest: - przygotowanie 18 bibliotek typu ang. strand-specific z frakcji mRNA z preparatu totalnego RNA, - sekwencjonowanie uzyskanych bibliotek w technologii sekwencjonowania przez syntezę (Illumina), wymagana ilość danych - minimum 80 mln odczytów na próbkę. GENE SCAN - ANALIZA POLIMORFIZMU Przedmiotem zamówienia jest analiza alleli o długości 75-450 pz na płytkach 96-dołkowych z markerem ROX lub LIZ.Wymagane odczyty dla barwników TAMRA, FAM i HEX. Czas wykonania - 10 dni roboczych od momentu przysłania próbki do Zleceniobiorcy. Zamawiający będzie przesyłał próbki pojedynczo