Monitoring genetyczny, Monitoring parazytologiczny oraz Monitoring zdrowia populacji południowej w ramach projektu Ochrona in situ żubra w Polsce - część południowa

Opis przedmiotu przetargu: Przedmiot zamówienia składa się z trzech zadań: 1. Monitoring genetyczny 2. Monitoring parazytologiczny 3. Monitoring zdrowia populacji południowej Zadanie nr 1 Przedmiotem zamówienia jest: Monitoring genetyczny I. Monitoring genetyczny ma na celu ocenę populacji żubrów pod względem genetycznym, oraz określeniem genotypów, o które należy wzbogacić pule genową stada bieszczadzkiego. II. Wykonawcy zostaną dostarczone próbki do badań genetycznych, zebrane w ramach zadania Kolekcja tkanek żubrów ze stada w Bieszczadach. Sposób dostarczania prób do analizy ma zostać ustalony z Wykonawcą ww zadania. 1. Próbki dostarczone Wykonawcy do oceny będą stanowiły materiał biologiczny w postaci: włosów zebranych z legowisk zimowych, lub odpowiednio zakonserwowanych krwi lub innych tkanek pobranych od padłych, eliminowanych lub usypianych żubrów. 2. Ilość materiału dostarczonego do analizy to 75 próbek w całym okresie obowiązywania umowy. Ilość próbek dostarczonych do badań w danym roku będzie zależna od dostępności materiału genetycznego. III. Metodyka monitoringu genetycznego: 1. Analiza molekularna a) Izolacja DNA: Izolacja metodą kolumnową z określeniem efektywności przy pomocy pomiaru spektrofotometrycznego b) Amplifikacja DNA: Amplifikacja 20 sekwencji polimorficznych w reakcjach typu multipleks (mikrosatelity). Znakowanie starterów fluorochromami. Automatyczny odczyt długości fragmentów. Analiza fragmentów MHC przy pomocy enzymów restrykcyjnych. c) Analiza: Charakterystyka populacji - określenie parametrów populacyjnych (równowaga genetyczna; heterozygotyczność; współczynniki Writha), ocena dystansu. 2. Analiza rodowodowa polegająca na ocenie rodowodów stad za granicą i wskazania najlepszych możliwych do realizacji rozwiązań przywozu nowych osobników do wzbogacania bieszczadzkiego stada. Analiza rodowodowa obejmuje ocenę podobieństwa genetycznego, składu genotypu pod względem udziału przodków i przynależności do linii matecznej i ojcowskiej. IV. Wykonawca do 15 grudnia każdego roku będzie przedstawiał raport zawierający wyniki analizy molekularnej każdej próby, analizę stad i osobników potencjalnie możliwych do przemieszczenia w celu wzbogacenia stad bieszczadzkich żubrów oraz wskazanie innych działań zmierzających do wzbogacenia puli genowej stada bieszczadzkiego. Oprócz tych raportów do 15 czerwca każdego roku Wykonawca będzie przedstawiał informację z bieżącej realizacji zadania. Do 20 grudnia 2013 roku Wykonawca przedstawi raport końcowy, stanowiący podsumowania całego monitoringu genetycznego. Informacje półroczne, raporty z realizacji zadania i raport końcowy powinny być dostarczone do siedziby Zamawiającego. Zadanie nr 2 Przedmiotem zamówienia jest: Monitoring parazytologiczny I. Monitoring parazytologiczny ma na celu określenie stopnia zapasożycenia, oraz wskazanie metod profilaktyki orazlub leczenia chorób pasożytniczych żubrów z populacji bieszczadzkiej 1. Wykonawcy zostaną dostarczone próbki do oceny zapasożycenia zebrane w ramach zadania Kolekcja tkanek żubrów ze stada w Bieszczadach. Sposób dostarczania próbek do analizy zostanie ustalony z Wykonawcą ww zadania. 2. Materiał biologiczny dostarczony do badań będzie stanowić kał żubrów. 3. Ilość materiału dostarczonego do analizy to 80 próbek rocznie. II. Metodyka oceny stopnia zapasożycenia: 1. Próbki muszą być zbadane metodami pozwalającymi na ustalenie ekstensywności i intensywności zarażenia żubrów nicieniami żołądkowo-jelitowymi, nicieniami płucnymi i przywrami wątrobowymi. Analizy należy przeprowadzić trzema metodami: a) Metodą flotacji w kierunku wykrycia jaj nicieni z rodziny Trichostrongylidae, rodzaju Nematodirus, rodzaju Trichocephalus i rodzaju Aonchoteca; b) Metodą Baermanna w celu wykrycia larw nicieni płucnych Dictyocaulus viviparus; c) Metodą dekantacji w kierunku wykrycia jaj przywr wątrobowych Fasciola hepatica, Parafasciolopsis fasciolaemorpha i Dicrocoelium dendriticum oraz przywr Paramphistomum cervi występujących w żwaczu. III. Wykonawca do 15 grudnia każdego roku trwania umowy będzie przedstawiał raport z bieżącej realizacji zadania, zawierający wyniki analizy każdej próby oraz zalecenia dotyczące profilaktyki i leczenia chorób pasożytniczych. Ponadto do 20 grudnia 2013 roku Wykonawca przedstawi podsumowujący raport końcowy. Raporty z realizacji zadania i raport końcowy powinny być dostarczone do siedziby Zamawiającego. IV. Wykonawca w przypadku wystąpienia zagrożenia zdrowia żubrów niezwłocznie poinformuję o tym Zamawiającego, wskaże źródło zagrożenia oraz przedstawi zalecenia dla ochrony zdrowia populacji żubrów. W przypadku, gdy w SIWZ podano nazwy metod badawczych zamawiający dopuszcza zastosowanie metod równoważnych prowadzących do uzyskania wyników o dokładności nie mniejszej niż za pomocą podanych metod. Zadanie nr 3 Przedmiotem zamówienia jest: Monitoring zdrowia populacji południowej I. Monitoring zdrowia populacji południowej ma na celu ocenę stanu zdrowotnego pod kątem występowania chorób bakteryjnych, wirusowych i grzybiczych oraz zalecenia dla ochrony zdrowia żubrów z populacji bieszczadzkiej. 1. Badania pod kątem występowania chorób bakteryjnych, wirusowych i grzybiczych winny obejmować: a. Wykonanie sekcji anatomopatologicznej każdego eliminowanego lub padłego (o ile stan tuszy na to pozwoli) żubra. Wykonawca jest zobowiązany do przyjazdu w teren w celu przeprowadzenia sekcji. b. Pobieranie materiału biologicznego w formie wycinków tkanek i wymazów ze zmienionych narządów padłego lub wyeliminowanego żubra oraz próbek węzłów chłonnych od każdego wyeliminowanego lub padłego (o ile stan tuszy na to pozwoli) żubra . 2. Ilość materiału biologicznego do badań będzie pochodzić maksymalnie od 45 sztuk żubrów w całym okresie obowiązywania umowy. 3. Wykonawca jest zobowiązany do wykonania badań laboratoryjnych w kierunku gruźlicy od każdego wyeliminowanego lub padłego (o ile stan tuszy na to pozwoli) żubra. 4. Decyzja o zakresie badań dodatkowych (histopatologicznych, mikrobiologicznych, mykologicznych, serologicznych) podejmowana będzie przez wykonującego autopsję, jeżeli wyniki sekcji anatomopatologicznej będą wskazywały na taką potrzebę. 5. W przypadku wystąpienia lub podejrzenia gruźlicy, Wykonawca jest zobowiązany do zbadania próbek w kierunku gruźlicy w laboratorium referencyjnym wskazanym przez Głównego Lekarza Weterynarii, pod warunkiem możliwości pobrania próbek do tych badań. 6. Wykonawca zapewni niezbędne odczynniki i pojemniki dla pobierania i utrwalania materiału biologicznego. II. Wykonawca do 15 grudnia danego roku będzie zobowiązany do przedstawienia Zamawiającemu raportu z bieżącej realizacji zadania, który musi uwzględniać następujące elementy: 1. szczegółowe wyniki prowadzonych autopsji i badań dodatkowych 2. interpretacje uzyskanych wyników 3. ocenę stanu zdrowia populacji bieszczadzkich żubrów 4. zalecenia dotyczące profilaktyki leczenia chorób bakteryjnych, wirusowych i grzybiczych oraz zapobieganie rozprzestrzenianiu się chorób zakaźnych. Ponadto Wykonawca do 20 grudnia 2013 roku przedstawi Zamawiającemu podsumowujący raport końcowy, uwzględniający wszystkie ww elementy. III. Wykonawca w przypadku wystąpienia zagrożenia zdrowia żubrów niezwłocznie (niezależnie od raportów) poinformuję o tym Zamawiającego, wskaże źródło zagrożenia oraz przedstawi zalecenia dla ochrony zdrowia populacji żubrów.