Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA oraz syntezy oligonukleotydów do realizacji projektu pt. Polskie szczepy Trichoderma w ochronie roślin i zagospodarowaniu odpadów organicznych nr umowy UDA-POIG.01.03.01-00-129/09-05, z dnia 15.09.2009 r.

Opis przedmiotu przetargu: Przedmiotem zamówienia jest: sukcesywne świadczenie usług sekwencjonowania DNA oraz syntezy oligonukleotydów. SEKWENCJONOWANIE METODĄ SANGERA Przedmiotem zamówienia jest sekwencjonowanie DNA mikrooganizmów z zastosowaniem sekwenatorów firmy Applied Biosystems na płytkach 96 dołkowych oraz w probówkach przygotowanych przez Zamawiającego. Standardowa długość odczytów 500-800 nukleotydów (z możliwością odczytów extra long o długości 1000-1100 nukleotydów w zależności od jakości matrycy). Matryce wraz ze starterami będą wysyłane pocztą kurierską na koszt Wykonawcy (min. ilość próbek w jednej przesyłce - 10 szt.). Opis próbek do sekwencjonowania (płytki i probówki) za pośrednictwem skrytpu znajdującego się na stronie internetowej Wykonawcy. Wyniki reakcji sekwencjonowania i rozdziału elektroforetycznego będą umieszczone przez Wykonawcę na jego stronie internetowej w formie pliku tekstowego i fluorogramu w formacie .abi otwieranego przez program np. FinchTV i Chromas. Wykonawca utworzy dla Zamawiającego na swojej stronie internetowej indywidualne konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. Wykonawca w terminie 7 dni od dnia zawarcia umowy przekaże Zamawiającemu pisemnie adres stony internetowej oraz hasło dostępu. Czas wykonania zlecenia - do 2 dni roboczych od daty i godziny przekazania próbek (matryca i startery) do sekwencjonowania przez Zamawiającego kurierowi wyznaczonemu przez Wykonawcę, a zamówionemu przez Zamawiającego. Reklamacje będą zgłaszane drogą elektroniczną przez Zamawiającego. Wykonawca ma obowiązek potwierdzenia ich przyjęcia. W przypadku błędów Wykonawcy, zlecenie zostanie bezpłatnie wykonane ponownie w jak najkrótszym czasie, nie dłuższym jednak niż 2 dni robocze. SYNTEZA OLIGONUKLEOTYDÓW: Przedmiotem zamówienia jest synteza oligonukleotydów standardowych oraz czyszczonych HPLC w skalach 20, 40 i 200 nmol. Poszczególne oligonukleotydy o konkretnej sekwencji będą zamawiane sukcesywnie przez skrypt na polskojęzycznej stronie internetowej Wykonawcy. Oligonukleotydy muszą mieścić się w długości między 15 a 80 nukleotydów. Czas dostawy do 3 dni roboczych dla oligonukleotydów standardowych oraz do 5 dni roboczych dla oligonukleotydów czyszczonych HPLC. Czas dostawy będzie liczony od momentu złożenia zamówienia przez skrypt internetowy w godz. 8:00 - 18:00(oligonukleotydy zamówienie po 18:00 będą miały naliczany czas realizacji zamówienia od 8:00 dnia następnego).Dostawa oligonukleotydów standardowo w formie zliofilizowanej z informacją w jakiej objętości należy zawiesić otrzymany liofilizat, aby uzyskać stężenie 100 µM. Dla wybranych zamówień musi istnieć możliwość otrzymywania oligonukleotydów zawieszonych w wodzie (prośba będzie zaznaczana w polu uwagi podczas składania danego zamówienia).Oligonukleotydy czyszczone HPLC muszą być dostarczane z wynikiem analizy jakości oligonukleotydu po oczyszczeniu na HPLC. Na stronie Wykonawcy Zamawiający będzie posiadał spersonalizowane konto opatrzone hasłem, za którego pośrednictwem będzie składał zamówienia oraz będzie miał możliwości śledzenia historii wszystkich zamówień i faktur.Zamawiający zastrzega, że wyszczególnione w tabeli ilości usług są planowane i mogą ulec zmianie w trakcie realizacji umowy (zmniejszeniu lub zwiększeniu w poszczególnych pozycjach do wysokości 20% planowanej ilości) bez przekraczania maksymalnej wartości przedmiotu zamówienia. Szczegółowy zakres praw i obowiązków związanych z realizacją zamówienia określa wzór umowy stanowiący załącznik do SIWZ.