W-5 ZP/3/2011

Opis przedmiotu przetargu: Przedmiotem zamówienia jest usługa badawcza polegająca na: sekwencjonowaniu i ustaleniu konsensusu sekwencji DNA genomowego szczepu bakterii oraz jego annotacji. Ze względu na brak jednoznacznych danych, pozwalających oszacować wielkość genomu oraz ilość dodatkowego DNA, zawierającego się w obecnych w szczepie plazmidach, zamawiamy wykonanie usługi w czterech etapach z możliwością rezygnacji z kontynuacji badania przez każdą ze stron po zakończeniu danego etapu:
Etap I: Wykonanie biblioteki genomowej oraz pojedynczego odczytu na sekwenatorze genomowym o pokryciu 35 mln zasad. Odczyt ten ma umożliwić oszacowanie % zawartości plazmidów oraz przybliżonej wielkość genomu badanego organizmu. Uzyskane zbiory wynikowe w postaci wygenerowanych automatycznie kontigów sekwencji DNA oraz plików wynikowych zostaną przekazane zleceniodawcy.
Etap II: Wykonanie dwóch dodatkowych odczytów na sekwenatorze, dające w sumie z odczytem pierwszym około 100 mln zasad. Uzyskane zbiory wynikowe w postaci wygenerowanych automatycznie kontigów oraz plików wynikowych *.sff oraz *.fna i *.qual zostana przekazane zleceniodawcy.
Etap III: Ustalenie konsensusu sekwencji genomu badanej bakterii oraz obecnych w preparacie plazmidów na podstawie odczytów sekwencji z Etapu I i II z jakością odpowiadającą obecności jednego błędnego nukleotydu na milion zasad. Wycena tego etapu zostanie wykonana na 4 mln zasad z określeniem ceny za każde dodatkowe rozpoczęte 100 tyś. zasad.
Etap IV: Wykonanie annotacji genomu, obejmującej zidentyfikowanie genów, ustalenie poziomu homologii wydedukowanej sekwencji aminokwasowej zidentyfikowanych genów do sekwencji w bazach danych oraz mapę genomu. Wyniki annotacji w postaci plików komputerowych zostaną przekazane zleceniodawcy. Termin wykonania etapu IV: do 2 miesięcy od dostarczenia pisemnego zlecenia od zleceniodawcy. o ilościach określonych w Formularzu Cenowym, stanowiącym Załącznik Nr 2 do SIWZ.