Monitoring genetyczny, monitoring parazytologiczny oraz monitoring zdrowia populacji południowej w ramach projektu Kontynuacja ochrony in situ żubra w Polsce - część południowa

Opis przedmiotu przetargu: Zadanie nr 1 Przedmiotem zamówienia jest: Monitoring genetyczny I.Monitoring genetyczny ma na celu ocenę populacji żubrów pod względem genetycznym, oraz określeniem genotypów, o które należy wzbogacić pule genową stada bieszczadzkiego. II.Wykonawcy zostaną dostarczone próbki do badań genetycznych, zebrane w ramach zadania Kolekcja tkanek żubrów ze stada w Bieszczadach. Sposób dostarczania prób do analizy ma zostać ustalony z Wykonawcą ww zadania. 1.Próbki dostarczone Wykonawcy do oceny będą stanowiły materiał biologiczny w postaci: włosów zebranych z legowisk zimowych, lub odpowiednio zakonserwowanych krwi lub innych tkanek pobranych od padłych, eliminowanych lub usypianych żubrów. 2.Ilość materiału dostarczonego do analizy to 15-25 próbek w okresie obowiązywania umowy. Ilość prób jest zależna od ilości materiału genetycznego dostarczonego przez Wykonawcę zadania Kolekcja tkanek żubrów ze stada w Bieszczadach. III.Metodyka monitoringu genetycznego: 1.Analiza molekularna a)Izolacja DNA: Izolacja metodą kolumnową z określeniem efektywności przy pomocy pomiaru spektrofotometrycznego b)Amplifikacja DNA: Amplifikacja 20 sekwencji polimorficznych w reakcjach typu multipleks (mikrosatelity). Znakowanie starterów fluorochromami. Automatyczny odczyt długości fragmentów. Analiza fragmentów MHC przy pomocy enzymów restrykcyjnych. c)Analiza: Charakterystyka populacji określenie parametrów populacyjnych (równowaga genetyczna; heterozygotyczność; współczynniki Writha), ocena dystansu. 2.Analiza rodowodowa polegająca na ocenie rodowodów stad za granicą i wskazania najlepszych możliwych do realizacji rozwiązań przywozu nowych osobników do wzbogacania bieszczadzkiego stada. Analiza rodowodowa obejmuje ocenę podobieństwa genetycznego, składu genotypu pod względem udziału przodków i przynależności do linii matecznej i ojcowskiej. IV.Wykonawca do 20 czerwca 2014 oraz do 10 grudnia 2014 roku przedstawi sprawozdanie zawierające wyniki analizy molekularnej każdej próby, analizę stad i osobników potencjalnie możliwych do przemieszczenia w celu wzbogacenia stad bieszczadzkich żubrów oraz wskazanie innych działań zmierzających do wzbogacenia puli genowej stada bieszczadzkiego. Do 15 grudnia 2014 roku Wykonawca przedstawi raport końcowy, stanowiący podsumowania całego monitoringu genetycznego. Sprawozdania i raport końcowy powinny być dostarczone do siedziby Zamawiającego. Zadanie nr 2 Przedmiotem zamówienia jest: Monitoring parazytologiczny I.Monitoring parazytologiczny ma na celu określenie stopnia zapasożycenia, oraz wskazanie metod profilaktyki oraz lub leczenia chorób pasożytniczych żubrów z populacji bieszczadzkiej 1.Wykonawcy zostaną dostarczone próbki do oceny zapasożycenia zebrane w ramach zadania Kolekcja tkanek żubrów ze stada w Bieszczadach. Sposób dostarczania próbek do analizy zostanie ustalony z Wykonawcą ww zadania. 2.Materiał biologiczny dostarczony do badań będzie stanowić kał żubrów. 3.Ilość materiału dostarczonego do analizy to 60 próbek w ciągu trwania umowy. II.Metodyka oceny stopnia zapasożycenia: 1.Próbki muszą być zbadane metodami pozwalającymi na ustalenie ekstensywności i intensywności zarażenia żubrów nicieniami żołądkowo-jelitowymi, nicieniami płucnymi i przywrami wątrobowymi. Analizy należy przeprowadzić trzema metodami: a)Metodą flotacji w kierunku wykrycia jaj nicieni z rodziny Trichostrongylidae, rodzaju Nematodirus, rodzaju Trichocephalus i rodzaju Aonchoteca; b)Metodą Baermanna w celu wykrycia larw nicieni płucnych Dictyocaulus viviparus; c)Metodą dekantacji w kierunku wykrycia jaj przywr wątrobowych Fasciola hepatica, Parafasciolopsis fasciolaemorpha i Dicrocoelium dendriticum oraz przywr Paramphistomum cervi występujących w żwaczu. III.Wykonawca do 15 grudnia 2014 roku przedstawi raport końcowy, zawierający wyniki analizy każdej próby oraz zalecenia dotyczące profilaktyki i leczenia chorób pasożytniczych. Raport końcowy powinien być dostarczony do siedziby Zamawiającego. IV.Wykonawca w przypadku wystąpienia zagrożenia zdrowia żubrów niezwłocznie poinformuję o tym Zamawiającego, wskaże źródło zagrożenia oraz przedstawi zalecenia dla ochrony zdrowia populacji żubrów. W przypadku, gdy w SIWZ podano nazwy metod badawczych zamawiający dopuszcza zastosowanie metod równoważnych prowadzących do uzyskania wyników o dokładności nie mniejszej niż za pomocą podanych metod. Zadanie nr 3 Przedmiotem zamówienia jest: Monitoring zdrowia populacji południowej I.Monitoring zdrowia populacji południowej ma na celu ocenę stanu zdrowotnego pod kątem występowania chorób bakteryjnych, wirusowych i grzybiczych oraz zalecenia dla ochrony zdrowia żubrów z populacji bieszczadzkiej. 1.Badania pod kątem występowania chorób bakteryjnych, wirusowych i grzybiczych winny obejmować: a.Wykonanie sekcji anatomopatologicznej każdego eliminowanego lub padłego (o ile stan tuszy na to pozwoli) żubra. Wykonawca jest zobowiązany do przyjazdu w teren w celu przeprowadzenia sekcji. b.Pobieranie materiału biologicznego w formie wycinków tkanek i wymazów ze zmienionych narządów padłego lub wyeliminowanego żubra oraz próbek węzłów chłonnych od każdego wyeliminowanego lub padłego (o ile stan tuszy na to pozwoli) żubra . 2.Ilość materiału biologicznego do badań będzie pochodzić maksymalnie od 15 sztuk żubrów w całym okresie obowiązywania umowy. 3.Wykonawca jest zobowiązany do wykonania badań laboratoryjnych w kierunku gruźlicy od każdego wyeliminowanego lub padłego (o ile stan tuszy na to pozwoli) żubra. 4.Decyzja o zakresie badań dodatkowych (histopatologicznych, mikrobiologicznych, mykologicznych, serologicznych) podejmowana będzie przez wykonującego autopsję, jeżeli wyniki sekcji anatomopatologicznej będą wskazywały na taką potrzebę. 5.W przypadku wystąpienia lub podejrzenia gruźlicy, Wykonawca jest zobowiązany do zbadania próbek w kierunku gruźlicy w laboratorium referencyjnym wskazanym przez Głównego Lekarza Weterynarii, pod warunkiem możliwości pobrania próbek do tych badań. 6.Wykonawca zapewni niezbędne odczynniki i pojemniki dla pobierania i utrwalania materiału biologicznego. II.Wykonawca do 15 grudnia 2014 roku będzie zobowiązany do przedstawienia Zamawiającemu raportu końcowego, który musi uwzględniać następujące elementy: 1.szczegółowe wyniki prowadzonych autopsji i badań dodatkowych 2.interpretacje uzyskanych wyników 3.ocenę stanu zdrowia populacji bieszczadzkich żubrów 4.zalecenia dotyczące profilaktyki leczenia chorób bakteryjnych, wirusowych i grzybiczych oraz zapobieganie rozprzestrzenianiu się chorób zakaźnych. III.Wykonawca w przypadku wystąpienia zagrożenia zdrowia żubrów niezwłocznie (niezależnie od raportów) poinformuję o tym Zamawiającego, wskaże źródło zagrożenia oraz przedstawi zalecenia dla ochrony zdrowia populacji żubrów.