Sukcesywnye usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym

Opis przedmiotu przetargu: Sukcesywne usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym Zadanie 1. Analiza maksymalnie 45 próbek Zadanie 2. Analiza maksymalnie 180 próbek. Zadanie 3. Analiza maksymalnie 48 próbek Próbki dostarczane będą sukcesywnie partiami w trakcie trwania umowy. W zakres świadczonej usługi dla Zadań 1-3 muszą wchodzić: 1. Przygotowanie bibliotek z wykorzystaniem dostarczonego, wyizolowanego z prób glebowych DNA, na potrzeby sekwencjonowania NGS regionu ITS1 przy pomocy sekwenatora MiSeq (Illumina). 2. Sekwencjonowanie DNA regionu ITS1 (sekwenator MiSeq) z zestawem odczynników umożliwiającym odczyt w trybie sparowanych końców o długości 2x250 nukleotydów. Spodziewana średnia liczba par odczytów na próbkę powinna wynosić 50 000. 3. Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane – rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencje o niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne - OTU (Operational Taxonomic Unit), wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE), analiza alfa i beta diversity oraz dostarczone zostaną wyniki liczbowe i graficzne o jakości nadającej się do publikacji naukowych. Podstawowa analiza bioinformatyczna dotyczy wszystkich prób dostarczonych w ramach Zadań 1-3 (Zadanie 1 – 45 prób; Zadanie 2 – 180 prób, Zadanie 3 -48 prób) W ramach analizy bioinformatycznej niezbędne będzie również wykonanie porównań wg poniższego schematu: Zadanie 1. Analiza porównawcza obejmie wszystkie 45 prób. Z1.1 T1 VS Z1.2 T1 VS Z1.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T1) Z2.1 T1 VS Z2.2 T1 VS Z2.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T1) Z3.1 T1 VS Z3.2 T1 VS Z3.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T1) Z4.1 T1 VS Z4.2 T1 VS Z4.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T1) Z5.1 T1 VS Z5.2 T1 VS Z5.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T1) Z1.1 T2 VS Z1.2 T2 VS Z1.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T2) Z2.1 T2 VS Z2.2 T2 VS Z2.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T2) Z3.1 T2 VS Z3.2 T2 VS Z3.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T2) Z4.1 T2 VS Z4.2 T2 VS Z4.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T2) Z5.1 T2 VS Z5.2 T2 VS Z5.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T2) Z1.1 T3 VS Z1.2 T3 VS Z1.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T3) Z2.1 T3 VS Z2.2 T3 VS Z2.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T3) Z3.1 T3 VS Z3.2 T3 VS Z3.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T3) Z4.1 T3 VS Z4.2 T3 VS Z4.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T3) Z5.1 T3 VS Z5.2 T3 VS Z5.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T3) Z1 T1 VS Z2 T1 VS Z3 T1 VS Z4 T1 VS Z5 T1 Z1 T2 VS Z2 T2 VS Z3 T2 VS Z4 T2 VS Z5 T2 Z1 T3 VS Z2 T3 VS Z3 T3 VS Z4 T3 VS Z5 T3 Z1 T1 VS Z1 T2 VS Z5 T3 Z2 T1 VS Z2 T2 VS Z5 T3 Z3 T1 VS Z3 T2 VS Z5 T3 Z4 T1 VS Z4 T2 VS Z5 T3 Z5 T1 VS Z5 T2 VS Z5 T3 Zadanie 2. Analiza porównawcza obejmie 180 prób w dwóch powtórzeniach po 90 30 PORÓWNAŃ: (ST1 G1 +ST1 G2) VS ST1 R1, ………, (ST30 G1 +ST30 G2) VS ST30 R1 plus (ST1 G1 + ST1 G2 + ST1 R1) VS (ST2 G1 + ST2 G2 + ST2 R1) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2 + ST30 R1) (ST1 G1 + ST1 G2) VS (ST2 G1 + ST2 G2) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2) ST1 R1 VS ST2 R1 VS ……. VS ST30 R1 Zadanie 3 Analiza porównawcza dotyczyć będzie 48 prób w 2 powtórzeniach po 24 próby R.1.1 VS R1.2 VS R1.3 VS R1.4 (po uśrednieniu dalej jako R1) R2.1 VS R2.2 VS R1.3 VS R2.4 (po uśrednieniu dalej jako R2) R3.1 VS R3.2 VS R5.3 VS R3.4 (po uśrednieniu dalej jako R3) G.1.1 VS G1.2 VS G1.3 VS G1.4 (po uśrednieniu dalej jako G1) G2.1 VS G2.2 VS G1.3 VS G2.4 (po uśrednieniu dalej jako G2) G3.1 VS G3.2 VS G5.3 VS G3.4 (po uśrednieniu dalej jako G3) R1 VS G1 R2 VS G2 R3 VS G3 R1 VS R2 VS R3 G1 VS G2 VS G3 4. Próbki dostarczane będą firmą kurierską na koszt Wykonawcy. 5. Czas realizacji całego procesu nie może przekroczyć 70 dni kalendarzowych liczone od dnia dostarczenia próbek do momentu skutecznego przekazania wyników analizy bioinformatycznej. 6. Wykonawca musi prowadzić ewidencję powierzonego materiału, a w sytuacji stwierdzenia braków w przesłanym materiale (np.: brak konkretnej próbki) informuje - Kierownika projektu lub osobę przez niego wyznaczoną o zaistniałej sytuacji w ciągu 12 godzin liczone od momentu obioru przekazanego materiału. 7. Wykonawca zobowiązany jest do przekazania Zamawiającemu wyników w postaci pliku .fastaq oraz zestawienia wyników analizy bioinformatycznej w pliku kompatybilnym z pakietem MS Office w wersji elektronicznej, na podany w umowie adres mailowy Zamawiającego lub poprzez stronę internetową lub ftp Wykonawcy poprzez indywidualne spersonalizowane konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. 8. Wykonawca zobowiązany jest również do dostarczenia w formie elektronicznej (plik kompatybilny z Microsoft Office Word) w języku polskim i języku angielskim kompletu danych dotyczących metodyki oznaczeń. 9. Wskazane ilości prób są wielkościami planowanymi, przyjętymi do celów porównania ofert i wyboru najkorzystniejszej oferty. Wykonawcy, z którym Zamawiający podpisze umowę, nie przysługuje roszczenie o realizację usługi w ww. zakresie. Zamawiający gwarantuje zakup 70% usług. Niewykupienie przez Zamawiającego 30% przedmiotu zamówienia nie może stanowić podstawy do roszczeń odszkodowawczych ze strony Wykonawcy z tytułu niezrealizowania warunków zamówienia. 10. Zamawiający w trakcie realizacji umowy może dokonać przesunięć w liczbie prób pomiędzy zadaniami wg bieżących potrzeb, przy niezmiennej wartości umowy.